从Julia调用C函数并将2D数组作为指针作为参数传递

的背景

我正在尝试使用ccall Julia函数来使用C语言编写的代码。我知道如何将数组作为参数传递给期望int *arg的函数。 例如,尝试使用此C函数

 void sum_one(int *arr, int len) { for (int i=0; i<len; i++){ arr[i]++; } } 

这个Julia代码有效

 x = collect(Cint, 1:5) ccall((:sum_one, "/path/to/mylib.so"), Void, (Ptr{Cint}, Cint), x, 5) 

问题

C函数似乎没那么直接,期望指向指针( int **arg )的指针被用作二维矩阵。 说这个

 void fill_matrix(int **arr, int row, int col) { for (int i=0; i<row; i++){ for (int j=0; j<col; j++){ arr[i][j] = arr[i][j] + i + j*10; } } } 

在这里,我需要创建一个数组数组,以便C代码接受它:

 xx = [zeros(Cint, 5) for i in 1:6] ccall((:fill_matrix, "/path/to/mylib.so"), Void, (Ptr{Ptr{Cint}}, Cint, Cint), xx, 6,5) 

但这种结构结构从朱莉娅方面来说并不是很方便。

问题

  • 有没有其他方法将2维矩阵传递给C函数,该函数需要int **arg类型的int **arg
  • 如果没有,你如何将已经存在的Julia二维数组转换为C 的数组结构数组
  • 而另一种方式?

我会尽力逐一回答你的问题:

有没有其他方法将2维矩阵传递给C函数,该函数需要int ** arg类型的参数?

是。 你必须为julia的cconvert函数添加一个方法,以便它从Matrix{Cint}转换为Ptr{Ptr{Cint}} 。 所以你定义:

 Base.cconvert(::Type{Ptr{Ptr{Cint}}},xx2::Matrix{Cint})=Ref{Ptr{Cint}}([Ref(xx2,i) for i=1:size(xx2,1):length(xx2)]) 

(请参阅下一个问题进行解释),然后可以直接将矩阵传递给ccall:

 xx2=zeros(Cint,5,6) ccall((:fill_matrix, "mylib.so"),Void, (Ptr{Ptr{Cint}}, Cint, Cint), xx2, 6,5) 

但是,我建议你要覆盖哪些cconvert方法非常保守,因为其他julia代码可能会期望原始行为。

如果没有,你如何将已经存在的Julia二维数组转换为C的数组结构数组?

以下应该有效:您生成一个指向矩阵每列的指针数组,所以在julia-0.4中:

 xx2=zeros(Cint,5,6) refAr=[Ref(xx2,i) for i=1:size(xx2,1):length(xx2)] ccall((:fill_matrix, "mylib.so"),Void, (Ptr{Ptr{Cint}}, Cint, Cint), refAr, 6,5) 

现在矩阵xx2由C函数填充。 请注意,在julia v0.3中,您必须用pointer(xx2,i)替换Ref(xx2,i) pointer(xx2,i)

而另一种方式?

我不认为这通常是可能的。 为了构造julia 2Darrays,数据必须位于连续的内存块中。 如果你真的有信心,你可以这样做:

 p=pointer(refAr) # This is a Ptr{Ptr{Cint}} representing the int** aa=pointer_to_array(p,6,false) bb=pointer_to_array(aa[1],(5,6),false) 

返回原始矩阵。 这里, pointer_to_array的最后一个参数确定,如果Julia取得数组的所有权,那么数据应该由Julia的gc释放。

我不是Julia,但C绝对允许你传递多维数组:

 void fill_matrix(int row, int col, int (*arr)[col]) { for (int i=0; i 

关键是,没有涉及指针数组,表达式arr[i][j]将通过用于声明arr的数组指针类型计算为arr[i*col + j] 。 数据在内存中简单连续。

现在,我不知道Julia是否允许您与采用这样的数组指针参数的C函数进行交互,但您可能会尝试查找。 可能还需要交换数组索引,这取决于Julia是以列优先还是按行优先顺序存储其矩阵。 在任何一种情况下,通过尝试都应该很容易找到。