从Julia调用C函数并将2D数组作为指针作为参数传递
的背景
我正在尝试使用ccall
Julia函数来使用C语言编写的代码。我知道如何将数组作为参数传递给期望int *arg
的函数。 例如,尝试使用此C函数
void sum_one(int *arr, int len) { for (int i=0; i<len; i++){ arr[i]++; } }
这个Julia代码有效
x = collect(Cint, 1:5) ccall((:sum_one, "/path/to/mylib.so"), Void, (Ptr{Cint}, Cint), x, 5)
问题
C函数似乎没那么直接,期望指向指针( int **arg
)的指针被用作二维矩阵。 说这个
void fill_matrix(int **arr, int row, int col) { for (int i=0; i<row; i++){ for (int j=0; j<col; j++){ arr[i][j] = arr[i][j] + i + j*10; } } }
在这里,我需要创建一个数组数组,以便C代码接受它:
xx = [zeros(Cint, 5) for i in 1:6] ccall((:fill_matrix, "/path/to/mylib.so"), Void, (Ptr{Ptr{Cint}}, Cint, Cint), xx, 6,5)
但这种结构结构从朱莉娅方面来说并不是很方便。
问题
- 有没有其他方法将2维矩阵传递给C函数,该函数需要
int **arg
类型的int **arg
? - 如果没有,你如何将已经存在的Julia二维数组转换为C 的数组结构数组 ?
- 而另一种方式?
我会尽力逐一回答你的问题:
有没有其他方法将2维矩阵传递给C函数,该函数需要int ** arg类型的参数?
是。 你必须为julia的cconvert
函数添加一个方法,以便它从Matrix{Cint}
转换为Ptr{Ptr{Cint}}
。 所以你定义:
Base.cconvert(::Type{Ptr{Ptr{Cint}}},xx2::Matrix{Cint})=Ref{Ptr{Cint}}([Ref(xx2,i) for i=1:size(xx2,1):length(xx2)])
(请参阅下一个问题进行解释),然后可以直接将矩阵传递给ccall:
xx2=zeros(Cint,5,6) ccall((:fill_matrix, "mylib.so"),Void, (Ptr{Ptr{Cint}}, Cint, Cint), xx2, 6,5)
但是,我建议你要覆盖哪些cconvert方法非常保守,因为其他julia代码可能会期望原始行为。
如果没有,你如何将已经存在的Julia二维数组转换为C的数组结构数组?
以下应该有效:您生成一个指向矩阵每列的指针数组,所以在julia-0.4中:
xx2=zeros(Cint,5,6) refAr=[Ref(xx2,i) for i=1:size(xx2,1):length(xx2)] ccall((:fill_matrix, "mylib.so"),Void, (Ptr{Ptr{Cint}}, Cint, Cint), refAr, 6,5)
现在矩阵xx2
由C函数填充。 请注意,在julia v0.3中,您必须用pointer(xx2,i)
替换Ref(xx2,i)
pointer(xx2,i)
而另一种方式?
我不认为这通常是可能的。 为了构造julia 2Darrays,数据必须位于连续的内存块中。 如果你真的有信心,你可以这样做:
p=pointer(refAr) # This is a Ptr{Ptr{Cint}} representing the int** aa=pointer_to_array(p,6,false) bb=pointer_to_array(aa[1],(5,6),false)
返回原始矩阵。 这里, pointer_to_array
的最后一个参数确定,如果Julia取得数组的所有权,那么数据应该由Julia的gc释放。
我不是Julia,但C绝对允许你传递多维数组:
void fill_matrix(int row, int col, int (*arr)[col]) { for (int i=0; i
关键是,没有涉及指针数组,表达式arr[i][j]
将通过用于声明arr
的数组指针类型计算为arr[i*col + j]
。 数据在内存中简单连续。
现在,我不知道Julia是否允许您与采用这样的数组指针参数的C函数进行交互,但您可能会尝试查找。 可能还需要交换数组索引,这取决于Julia是以列优先还是按行优先顺序存储其矩阵。 在任何一种情况下,通过尝试都应该很容易找到。