分段创建arrays时使用OpenMP时出错
在访问for循环内的数组时，我遇到了分段错误。 我想要做的是生成DNA串的所有子序列。
当我在for中创建数组时发生了这种情况。 阅读一段时间后，我发现openmp限制了堆栈大小，因此使用堆更安全。 所以我更改代码以使用malloc，但问题仍然存在。
这是完整的代码：
#include #include #include #include #include #define DNA_SIZE 26 #define DNA "AGTC" static char** powerset(int argc, char* argv) { unsigned int i, j, bits, i_max = 1U <= sizeof(i) * CHAR_BIT) { fprintf(stderr, "Error: set too large\n"); exit(1); } omp_set_num_threads(2); char** subsequences = malloc(i_max*sizeof(char*)); #pragma omp parallel for shared(subsequences, argv) for (i = 0; i >=1) if (bits & 1) ++characters; //This is the line where the error is happening. char *ss = malloc(characters+1 * sizeof(char)*16);//the *16 is just to save the cache lin int ssindex = 0; for (bits = i, j=0; bits; bits >>= 1, ++j) { if (bits & 1) { //char a = argv[j]; ss[ssindex++] = argv[j] ; } } ss[ssindex] = '\0'; subsequences[i] = ss; } return subsequences; } char* getdna() { int i; char *dna = (char *)malloc((DNA_SIZE+1) * sizeof(char)); for(i = 0; i < DNA_SIZE; i++) { int randomDNA = rand() % 4; dna[i] = DNA[randomDNA]; } dna[DNA_SIZE] = '\0'; return dna; } void printResult(char** ss, int size) { //PRINTING THE SUBSEQUENCES printf("SUBSEQUENCES FOUND:\r\n"); int i; for(i = 0; i < size; i++) { printf("%i.\t{ %s } \r\n",i+1 , ss[i]); free(ss[i]); } free(ss); } int main(int argc, char* argv[]) { srand(time(NULL)); double starttime, stoptime; starttime = omp_get_wtime(); char* a = getdna(); printf("%s\r\n", a); int size = pow(2, DNA_SIZE); printf("number of subsequences: %i\r\n", size); char** subsequences = powerset(DNA_SIZE, a); //todo: make it optional printing to the stdout or saving to a file //printResult(subsequences, size); stoptime = omp_get_wtime(); printf("Tempo de execucao: %3.2f segundos\n\n", stoptime-starttime); printf("Numero de sequencias geradas: %i\n\n", size); free(a); return 0; } 我还尝试使用#pragma omp critical对malloc系列起到#pragma omp critical ，但没有帮助。 此外，我尝试使用-mstackrealign进行编译，但这也无效。
感谢所有的帮助。
使用高效的线程安全内存管理。
应用程序可以显式地使用malloc()和free() ，或者在编译器生成的代码中隐式使用动态/可分配数组，矢量化内部函数等。
某些libc实现中的线程安全malloc()和free()承载由内部锁定引起的高同步开销。 存在针对线程应用程序的更快的分配器。 例如，在Solaris上，multithreading应用程序应与“MT-hot”分配器mtmalloc链接，即与-lmtmalloc链接以使用mtmalloc而不是默认的libc分配器。 glibc ，用于Linux和一些OpenSolaris和FreeBSD发行版与GNU用户区，使用修改后的ptmalloc2分配器，它基于Doug Lea的dlmalloc 。 它使用多个内存竞技场来实现近乎无锁的行为。 它也可以配置为使用每线程竞技场和一些分布，特别是RHEL 6和派生，启用该function。
static char** powerset(int argc, char* argv) { int i, j, bits, i_max = 1U << argc; if (argc >= sizeof(i) * CHAR_BIT) { fprintf(stderr, "Error: set too large\n"); exit(1); } omp_set_num_threads(2); char** subsequences = malloc(i_max*sizeof(char*)); int characters = 0; for (i = 0; i < i_max ; ++i) { for (bits=i; bits ; bits>>=1) if (bits & 1) ++characters; subsequences[i] = malloc(characters+1 * sizeof(char)*16); characters = 0; } #pragma omp parallel for shared(subsequences, argv) private(j,bits) for (i = 0; i < i_max; ++i) { int ssindex = 0; for (bits = i, j=0; bits; bits >>= 1, ++j) { if (bits & 1) { subsequences[i][ssindex++] = argv[j] ; } } subsequences[i][ssindex] = '\0'; } return subsequences; }
我之前创建数据类型，然后进行扩孔计算。
上面这个版本在一个集群中有12个线程采用“Tempo de execucao：9.44 segundos”
顺便说一句，当我尝试并行以下代码并行时：
#pragma omp parallel for shared(subsequences) private(bits,characters) for (i = 0; i < i_max ; ++i) { for (bits=i; bits ; bits>>=1) if (bits & 1) ++characters; subsequences[i] = malloc(characters+1 * sizeof(char)*16); characters = 0; }
它需要“Tempo de execucao：10.19 segundos”
正如您所看到的，并行执行malloc可能会导致开销。
你最终也会遇到这样的问题：每个子malloc都试图分配(characters+1*DNA_SIZE*sizeof(char))而不是((characters+1)*DNA_SIZE*sizeof(char)) ，以及如果我理解你要避免的内容，则在并行部分内不需要乘以缓存行大小的因子。
这段代码似乎也存在一些问题：
for (bits = i, j=0; bits; bits >>= 1, ++j) { if (bits & 1) { //char a = argv[j]; ss[ssindex++] = argv[j] ; } }
使用此代码， j有时会触及DNA_SIZE或DNA_SIZE+1 ，导致读取argv[j]从数组的末尾开始。 （另外，使用argc和argv作为此函数中参数的名称有点令人困惑。）
问题在于dna[DNA_SIZE] = '\0'; 。 到目前为止，您已经为26个字符分配了内存（比方说），并且您正在尝试访问第27个字符。 永远记得数组索引从0开始。