Tag: mpi

openMPI在服务器集群上运行期间无限期等待？: 我已成功在服务器和计算机之间设置密码减去ssh。有一个简单的openMPI程序在单台计算机上运行良好。但是，不幸的是，当我在群集上尝试这个时，我都没有得到密码提示（因为我已经设置了ssh授权），也没有执行正在向前发展。 Hostfile看起来像这样， # The Hostfile for Open MPI # The master node, ‘slots=8’ is used because it has 8 cores localhost slots=8 # The following slave nodes are single processor machines: gautam@pcys13.grm.polymtl.ca slots=8 gautam@srvgrm04 slots=160 我在群集上运行hello world MPI程序， int main(int argc, char *argv[]) { int numprocs, rank, namelen; char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; double t; MPI_Init(&argc, […]

为什么这个MPI代码执行不正常？: 我正在努力创造一个“Hello，world！” 在（开放）MPI中应用，使每个过程按顺序打印出来。我的想法是让第一个进程在完成时向第二个进程发送消息，然后在第二个到第三个进程发送消息，等等： #include #include int main(int argc,char **argv) { int rank, size; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size); // See: http://mpitutorial.com/mpi-send-and-receive/ if (rank == 0) { // This is the first process. // Print out immediately. printf(“Hello, World! I am rank %d of %d.\n”, rank, size); MPI_Send(&rank, 1, MPI_INT, 1, 0, MPI_COMM_WORLD); } else […]

如何在MPI中发送具有每个处理器变体的2Darrays: 我试图在根0上采用随机生成的数组，稍微随机地改变它，并将每个变体发送到另一个处理器。这是我到目前为止的代码： #include “stdio.h” #include “stdlib.h” #include “mpi.h” #include “math.h” int main(int argc, char **argv) { int N = 32; int dim = 3; float a = 10.0; int size, rank, i, j, k, q; float **C; float rijx, rijy, rijz, rij, Vij, E=0; float stepsize = 0.05; double Start_time, End_time, Elapse_time; MPI_Status status; MPI_Init(&argc, […]

如何访问和打印在MPI工作人员中分发的完整向量？: 如何从MPI中的单个线程访问全局向量？我正在使用一个库 – 特别是一个ODE求解器库 – 名为CVODE（SUNDIALS的一部分）。该库与MPI一起使用，因此多个线程并行运行。它们都运行相同的代码。每个线程将一个数据“旁边”发送给它。但我希望其中一个线程（rank = 0）在某些点打印出数据的状态。该库包含函数，以便每个线程可以访问自己的数据（本地向量）。但是没有方法可以访问全局向量。我需要在特定时间输出所有方程的值。为此，我需要访问全局向量。任何人都知道如何获取MPI向量中的所有数据（如果可能，使用CVODE）？例如，这是我的代码，每个线程运行 for (iout=1, tout=T1; iout <= NOUT; iout++, tout += DTOUT) { flag = CVode(cvode_mem, tout, u, &t, CV_NORMAL); if(check_flag(&flag, "CVode", 1, my_pe)) break; if (my_pe == 0) PrintData(t, u); } … static void PrintData(realtype t, […]

非阻塞点对点通信中发送模式对MPI开销的影响: 我想确定MPI中非阻塞点对点通信的开销。有一些基准可用（如Sandia MPI Micro-Benchmark Suite或OSU微基准测试），但由于某些原因，他们不区分MPI提供的发送模式（标准，就绪，缓冲，同步）和仅使用标准模式。 MPI报告指出在此模式下，由MPI决定是否缓冲传出消息。 MPI可以缓冲传出消息。在这种情况下，发送调用可以在调用匹配的接收之前完成。另一方面，出于性能原因，缓冲区空间可能不可用，或者MPI可能选择不缓冲传出消息。在这种情况下，发送呼叫将不会完成，直到匹配的接收已发布，并且数据已移至接收方。我认为将消息写入缓冲区可能与将消息直接发送到接收器（可能物理上很远，通过低带宽连接等连接）具有不同的性能。所以我的问题是，我的假设是否是错误的，缓冲发送和就绪发送之间从来没有任何显着的性能差异（如果是，为什么） – 或者这些基准是否只是忽略了这些可能的差异（如果是，为什么）。

带散射集合的MPI矩阵乘法: 我正在尝试使用C中的MPI进行矩阵乘法，我们必须做一个顺序和一个并行版本的版本。我的并行版本没有给出正确的答案，我不知道为什么。我想我没有向流程发送正确的通信，但我不能确定。教授刚刚查看了不同的发送/接收/收集等消息，但没有真正详细介绍……我已经看到很多不同的例子，但没有完成，没有使用分散/聚集。如果有人可以看看我的代码，并告诉我，如果有任何东西突然出现，我会很感激。我很确定我的问题在于分散/收集消息或c矩阵的实际计算。 #define N 512 #include #include #include #include #include #include “mpi.h” print_results(char *prompt, float a[N][N]); int main(int argc, char *argv[]) { int i, j, k, rank, size, tag = 99, blksz, sum = 0; float a[N][N], b[N][N], c[N][N]; char *usage = “Usage: %s file\n”; FILE *fd; double elapsed_time, start_time, end_time; […]

MPI意外输出: 我正在阅读和练习教程中的MPI程序。在那里，我看到了一个寻找流程等级的例子。但同样的例子是在我的机器上给出不同的输出（Ubuntu 10.04）..这是程序 #include #include main(int argc, char **argv) { int ierr, num_procs, my_id; ierr = MPI_Init(&argc, &argv); /* find out MY process ID, and how many processes were started. */ ierr = MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_id); ierr = MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &num_procs); printf(“Hello world! I’m process %i out of %i processes\n”, my_id, num_procs); ierr = MPI_Finalize(); } […]

MPI基本示例不起作用: 我试图理解以下示例的含义： #include “mpi.h” #include int main(int argc, char *argv[]) { int numtasks, rank, dest, source, rc, count, tag = 1; char inmsg, outmsg = ‘x’; MPI_Status Stat; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numtasks); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); if (rank == 0) { dest = 1; source = 1; rc = MPI_Send(&outmsg, 1, MPI_CHAR, dest, tag, MPI_COMM_WORLD); rc = MPI_Recv(&inmsg, […]

C MPIarrays搜索（MPI_Scatter分段故障）: 我的MPI代码一直在运行所有非主任务的分段错误。 #include “mpi.h” #include #include int main(int argc, char* argv[]) { int list_size = 1000 int threads; int th_nums; int slice; int index; char* the_array[list_size]; char* temp_array[list_size]; char str_to_search[10]; FILE *in = fopen(“inputfile”, “r”); char parse[10]; MPI_Init(&argc, &argv); MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &threads); MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &th_nums); if (threads == 0) { // if master task fgets(parse, 10, in); slice […]

在C中使用MPI的分段错误错误？: 所以我需要在C中使用MPI并行实现向量加法函数。不幸的是，当我运行它时，它打印了许多内存位置的痕迹，然后是这条消息： ================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = PID 2419 RUNNING AT hbaum-pc = EXIT CODE: 6 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Aborted (signal 6) This typically refers to a problem with your application. Please […]